Covid : Taux de positivité, reproduction du virus, incidence, etc. de quoi parle-t-on ?

Confinement, gestes barrières, distanciel ou présentiel, patient zéro, etc. la première vague de l’épidémie et son confinement ont fait de nous des experts en lexicologie d’épidémiologistes. Avec succès ou non. La deuxième vague voit apparaître de nouveaux mots pour caractériser la poussée de l’épidémie : taux de positivité, reproduction du virus ou encore incidence. Et si on les définissait pour avoir tous la même version des faits.

1- Tests PCR, la nouvelle panoplie de l’épidémie

Avant le début de l’épidémie, vous ne pensiez pas qu’un coton-tige pouvait être plus grand que la paume de votre main. Et naïvement, pour vous, il servait à se nettoyer les oreilles. Alors fermez bien les yeux si vous réalisez un test PCR. Vidal, le Larousse des médecins explique sur son site qu’il « met en évidence ou non de l’ARN (acide ribonucléique = assemblage de ribonucléotides) viral dans un prélèvement nasopharyngé obtenu par écouvillonnage. » Bref un coton-tige de 15 cm sert au test nommé RT-PCR pour « Transcriptase inverse-Réaction en Chaîne par Polymérase ». Mais ça chatouille toujours au fond de la paroi rhino-pharyngée.

2- Taux de positivité : la réalité du nombre de malades ?

Le fameux taux de positivité est une valeur parmi d’autres qui permet d’évaluer la progression du virus. On parle de positivité pour le nombre de test RT-PCR positifs. Alors forcément, ce taux est remis en question par ceux qui veulent minimiser l’épidémie. « Plus on teste, plus on trouve de positifs », la phrase est d’une logique implacable. D’autant que nous sommes passés à 700.000 tests par semaine contre 150.000 tests à la fin du confinement.

Sauf que… le taux est un taux donc un pourcentage. Peu importe que l’on teste peu ou beaucoup, c’est une valeur sûre pour comprendre l’évolution. On peut même s’aventurer à dire que plus l’on fait de tests plus le chiffre est fiable. Pourquoi ? Si on a moins de tests alors la proportion de personnes positives sera plus haute car on testera en priorité les personnes ayant des symptômes ou étant cas contacts. CQFD.
Selon Santé publique France, ce taux était de 1,1% au 8 juillet et de 7,4% au 27 septembre (contre 5,7 % une semaine avant).

3- Le taux d’incidence et R : des indices construits

Sujet à polémique lors des mesures concernant Marseille et son agglomération, le taux d’incidence est comptabilisé tout simplement à partir du taux de tests positifs. Au regard du temps d’incubation du virus, il donne l’évolution de l’épidémie à J-3/J-9.
Le R pour « taux de reproduction » est lui aussi calculé depuis mi-juin à partir des tests positifs. Avant cette date, c’est le nombre d’admissions aux urgences qui permettaient de construire ce chiffre. C’est une estimation du nombre de personnes qu’un cas positif peut contaminer. « Son calcul prend en compte plusieurs paramètres, dont le délai moyen d’apparition d’un nouveau cas contaminé par une personne porteuse du virus (appelé intervalle de génération) », explique le ministère de la Santé.

Nombre d’entrées en réanimation par rapport aux lits disponibles, taux de positivité, taux d’incidence et R sont les 4 indicateurs qui permettent de surveiller l’évolution de l’épidémie.

Alexandre Marsat

 

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